O maior desafio dos Tribunais de Contas brasileiros é também seu maior trunfo nos esforços de aperfeiçoamento da fiscalização da administração pública e do combate à corrupção. Essa aparente e falsa contradição se dá em razão de uma característica incomum no aparato estatal. As 33 Cortes de Contas existentes no país têm autonomia assegurada pela Constituição e exercem suas competências próprias sem submissão a um órgão superior. O que para alguns pode representar disfuncionalidade, na verdade é uma particularidade que enriquece e fortalece a experiência do controle externo.